当公司未缴纳已代扣的个人所得税时，员工有权要求公司补缴，也可向税务机关举报。具体情况如下：
1. 若公司已从工资中扣除个税但未缴纳，员工可先与公司协商，要求其限期补缴。因为公司作为扣缴义务人，扣税后即需向税务机关缴纳，未缴纳属违规。
2. 若协商无果，员工可向当地税务机关举报。税务机关核实后，会责令公司限期补缴税款、滞纳金，甚至可能对其处以罚款。
3. 若公司未缴税款导致员工损失（如影响个人信用记录），员工可依法追究公司的赔偿责任。
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处理公司未缴已扣个税问题时，部分特殊或例外情形会影响处理方式：
1. 公司因财务困难暂时未缴。若公司确因经营不善、资金周转问题无法缴纳，且能提供财务证明并向税务机关申请延期，税务机关可能给予宽限期。此时员工可与公司协商，要求其在宽限期内补缴，并签订书面协议明确时间和方式，处理节奏会相对缓和。
2. 员工自愿放弃缴纳。若员工曾书面明确自愿放弃缴纳已扣个税，此类情况较复杂。尽管个税缴纳是法定义务，员工自愿放弃协议可能因违法而无效，但公司可能以此抗辩，税务机关调查时也需核实，会增加处理难度和时间成本。
3. 税务机关已处罚并责令补缴。若税务机关在员工发现问题前已对公司未缴个税行为处罚并责令限期补缴，员工只需关注公司是否按要求补缴。若公司未补，员工可向税务机关提供线索，协助督促执行，此时处理有明确行政程序依据。
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公司未缴已扣个税可能给员工带来潜在法律风险，举例如下：
1. 个人信用记录受损风险。公司长期未缴个税，税务机关可能将此关联至员工个人纳税信用。例如，员工办理房贷、车贷时，银行查询信用记录发现个税未缴不良记录，可能影响贷款审批额度甚至导致申请被拒。
2. 补缴税款及滞纳金风险。个税虽由公司代扣代缴，但未缴时，税务机关追缴可能要求员工先自行补缴税款及产生的滞纳金。比如，员工汇算清缴时系统显示有未缴税款，需先垫付，再向公司追讨，会增加经济压力。
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公司未缴已扣个税时，员工要求补缴或举报有明确法律依据。
《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定：“个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。”公司作为支付员工工资的单位，是法定扣缴义务人。该法第十一条还规定：“居民个人取得综合所得，按年计算个人所得税；有扣缴义务人的，由扣缴义务人按月或者按次预扣预缴税款。”这表明公司有义务代扣代缴员工个税，并需按月或按次预扣预缴。公司已扣未缴，明显违反上述法律对扣缴义务人缴纳税款义务的规定，因此员工有权要求公司补缴或向税务机关举报。

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